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自尊心受到双重打击的鲍林一头扎回到研究工作中。诺伊斯让他参与一个自己希望在有生之年实现的最后的大项目，创建一所生物有机化学研究院，并借此来抚慰鲍林的创伤。这个新的跨学科的研究团体将运用现代化学的工具来重新塑造生物学。他说，鲍林将是这一学院的学术领袖，可以获得新楼的整个一层楼面。其他教师将是世界上最优秀的学者，以后将陆续被聘用。更多场地和更高学术地位的承诺帮助鲍林克服了自己的失望情绪，一门心思地扑在工作上。
韦弗在1936年3月访问加州理工学院，他非常高兴地了解到鲍林在血红蛋白研究上取得了进展。当鲍林在晚餐上介绍自己对其他蛋白质研究产生了新的兴趣，说到自己的工作有可能有助于攻克癌症时，韦弗就更加喜不自禁了。
韦弗还拜访了明显衰弱的诺伊斯。诺伊斯强打精神，四方寻求资助，招兵买马，为扩建和装备生物有机化学学院作准备。韦弗对这一规划非常兴奋——这毕竟表明，他长期以来信奉的研究生物学的方法将被实现——他告诉诺伊斯，他将和理事会一起密切关注这一项目的进展。
诺伊斯对这个项目信心十足，况且他急切地想在自己离开人世前把一切都料理停当。他让鲍林充分地考查一下新学院的合适人选。这回倒是鲍林摆起了架子。他写信对诺伊斯说，最好围绕自己的研究进展向洛克菲勒基金提交一份详细的计划，然后再看看采取什么行动。诺伊斯迫不及待。他已经决定到梅奥诊所做一次结肠手术，这是他最后治愈癌症的机会。他很快将一份6页的提纲送交给韦弗，其中概括地介绍了有机化学的发展思路，并详细介绍了由私人捐助的拟建中的大楼。然后鲍林被派往东海岸寻访人才，这回他又扯起了诺伊斯的后腿。在纽约，他告诫韦弗说，他觉得诺伊斯“以他现在的状况，为了在有生之年作出一些成就，有些过于匆忙……”。鲍林仍然认为，不管系主任一职怎样有名无实，总归是他的。他不希望被一个垂危的病人作出的决定栓住手脚。他希望在时机到来时作出自己的决策。
他不用等待太久。梅奥诊所的手术失败了，5月，诺伊斯回到了帕萨迪纳。他躺在自己圣帕斯科大街住所的床上，女仆和一位长期的助手照料他。鲍林此时正忙于和莫斯基一起对蛋白质变性的论文作最后润色，在诺伊斯最后的几个星期中探望过他两回；谁也没有提及他继任系主任这个话题。
1936年6月3日，消息传遍了校园：亚瑟王过世了。
这标志着一个时代的结束。
诺伊斯的保守克制、温文尔雅和慷慨大度扎根于19世纪；他所遵循的是一种正在迅速消逝的生活方式，慢条斯理，知书达理，知足常乐。不会再让学生驾着老摩西出游，在研讨会上不会再有可可饮料，不会再有密立根在悼词中所称的诺伊斯的“美好性格”。不会再有诗歌。未来属于不那么浪漫、更加务实、眼明手快的鲍林式人物——20世纪的人。
诺伊斯在系里起到了协调的作用，这一点在他死后充分显露出来了。教师们在过去一年中积聚起来的敌意现在变得公开了。一些教师认为，鲍林即便是在诺伊斯重病期间也把他逼得很紧，还有人对韦弗说，鲍林“以一种毫无道理的，甚至是不可饶恕的方式来困扰和纠缠（诺伊斯），强迫他承担起不可忍受的化学系领导任务”，这甚至有可能加速了诺伊斯病情的恶化。托尔曼、迪金森和雷西这些老教授在给密立根的一封信中直言不讳地表达了同感，并“建议”暂时将鲍林提升为系主任——新近又重新确定了职责范围，几乎没有任何权力——这只是因为他的研究工作对加州理工学院至关重要，尽管“我们对鲍林教授是否完全适合这一岗位深表忧虑。……在一定程度上，我们怀疑他是否有能力来制定政策，是否能够慷慨、真诚地待人接物。”
这股反鲍林的情绪在诺伊斯的葬礼上表露无遗。荣誉扶棺者包括加州理工学院行政委员会的每一位成员，还有化学和化学工程系的每一位教师——唯独没有鲍林。鲍林对这种特殊做法感到狼狈万分，他找到密立根，要求知道为什么受到这样不公正的待遇。密立根声称自己毫不知情，说名单是化学系定的。
又一次侮辱接踵而至。葬礼后，正式宣布了系主任的任命——然而是托尔曼，而不是鲍林。这可能只是表示对前辈尊重的一种形式，因为托尔曼早就表明自己不堪此任，因此马上拒绝了，然而这实际上等于又打了鲍林一记耳光。
最后终于把系主任的头衔交给了鲍林，但是鲍林对于此等羞辱怒不可遏，拒绝接受。他不及考虑后果，匆匆地给密立根写了一封简短而直率的拒绝信。他在信中写道，新的系务委员会结构意味着他要在没有实权的情况下承担责任。提议的7500美元的工资也太低。他需要学校作出支持化学系的承诺。而且，他希望得到的不光是系主任的头衔，还有诺伊斯的另一个头衔，盖茨实验室主任。他在8月10日把这封信交了上去，然后带着全家上俄勒冈度假去了。
两星期后，他回到学校。在给朋友的一封信中他写道：“我们的化学系仍是一团糟，恐怕在一切走上正轨之前我们还要碰到许多麻烦。”密立根原以为诺伊斯的死会让鲍林幡然悔悟，欣然接受系主任的任命；鲍林信中的语气让他大惊失色，他拒绝把这封信交给行政委员会。这封信正是他对鲍林担心的明证：他太年轻，太缺乏经验，难以担当系主任的重任。太容易采取“独裁”的手腕。密立根拒绝给鲍林任何答复。
鲍林和“长官”继续沉默地对视着，过了整整两个月，鲍林才眨了眨眼睛。在11月份，他再次要求密立根告诉他将会发生什么。密立根冷若冰霜地回答说，他在等待鲍林提出能使自己“满意”的机构改革计划。
即便他们之间进行了谈判，也没有获得任何成果。1937年新年过去了，化学系仍然没有系主任。
韦弗在自己纽约的办公室里关注着事态的发展。他越来越不耐烦，决定采取行动。诺伊斯的生物有机化学资金已经启动；韦弗认为鲍林和一个顶尖的有机化学家合作能够完成大事，而且他也希望这笔资金能够产生效果。加州理工学院现在的恶劣环境让什么事都变得复杂了。尽管他深知鲍林缺乏团队精神——他认为，鲍林在8月份将那封拒绝信交给密立根时，密立根应该好好“打他的屁股”——他仍将鲍林视作自己在加州理工学院计划中的关键人物。
韦弗在1937年1月乘火车来到帕萨迪纳进行协调。他发现局势比他担心的还要糟糕。鲍林和密立根切断了彼此之间的所有联系。密立根本人开始管理生物有机化学资金，尽管他对此一窍不通。鲍林则高傲地呆在一边，等待着对他有利的决定。
韦弗首先和鲍林坐下来谈。有个能够理解自己的人来听自己的牢骚，鲍林把郁积在心中的话一股脑儿都倒了出来。他说，他担心不能很好地平衡自己在学术和行政上的时间。看看诺伊斯的情况——他事无巨细地处理着学院的事务，而本人在实验室里却没有搞出任何有价值的成果。系主任在新的系务委员会制度下不过是一个傀儡，没有决策权，却要为那些不是自己作出的决定接受旁人的洁难。而且在一些他本人就可以处理的小事上，他也需要浪费大量时间与委员会商量。鲍林还说，他对于不给他实验室主任一职极为不满，因为尽管对外人来说似乎这无关紧要，但是在他领域里的其他科学家眼中，这个头衔具有实际的重要性。工资问题也相当重要，因为他现在的收入比其他系主任的工资要低得多。
韦弗觉得鲍林的话有理有据，他开始对这位青年学者产生了一种新的敬重。接着，鲍林又让韦弗看了自己在8月10日写的拒绝信，要他坦率地说出自己的看法。韦弗读了一遍，说这封信“语调生硬，甚至有些厚颜无耻”。他告诉鲍林，与行政委员会的成员相比，他还太年轻；提他为系主任表明理事们对他非常信任，可以说是对他的一种恩赐。他的答复不仅没有感谢这种荣誉，而且没有给出他这一决定背后的理由。看上去似乎鲍林把系主任一职又扔回到他们的脸上。这是一种羞辱。所以毫不奇怪，他们让他干等着。那天晚上，韦弗在日记中写道：“鲍林似乎心说诚服地接受了我的批评，并沉痛地表示自己犯了一个大错。”
在教训了一方之后，韦弗开始和另一方理论，告诉密立根鲍林的忧虑以及对化学系的计划。他说，这个年轻人在长时间的等待中仍保持了清醒的头脑，这难能可贵，而且鲍林对于洛克菲勒基金是十分重要的。他请求密立根能够理解。
在韦弗回到纽约之后，密立根和鲍林开始对话，意在确定一种双方都能够满意的体制。在诺伊斯去世几乎一年后的4月份，鲍林将好消息通知了韦弗。“在与您谈话之后，我找到密立根教授，决心消除我们之间的隔阂。我们没费什么功夫就达成了共识，我相信每个人都会满意的。”鲍林当然是满意的。他将保留系主任和系务委员会主任的头衔，他的工资将提升到9000美元。
在别人的忧惧惶恐之中，鲍林顺利地担当起了系主任的角色，这主要应该归功于他沿用了诺伊斯的行政管理体系，并把主要的精力放在了自己的科研工作上。作为系主任，他需要抛头露面，外出旅行，讲演，提高学校的知名度，并吸引大笔的赞助。其他的一切事务都委派别人去做。他说：“作为行政管理人员，我出于某种原因，养成了把几乎所有事情都交给别人去办的习惯。”他让自己以前的研究生斯特迪文特当了自己行政方面的助手。这一选择十分正确，因为斯特迪文特务实、果断——他负责化学系的仪器车间，在日常行政事务之外还设计并制造了一些精密的化学仪器设备——在一个教授的记忆中，他是“我所认识的人中最能干的一个”。
大多数其他的日常决策都由系里的一些常设委员会来制定。甚至连新的系务理事会机构这样一个棘手的问题，也非常容易地解决了：对任何新教师的录用或是别的重大决策，鲍林并不采取所有教师投票的办法，而是通过小范围的投票来解决。在此，鲍林同样显示了他的才干：在投票之前，鲍林都会先去试一试水温，通过非正式的谈话达成一致意见，这样就避免了许多公开的争论。教师会议简短有效，多数教授喜欢这种形式。
在获得系主任提名后的几个星期，鲍林在给一个朋友的信中写道：“非常感谢你关于我的新职位的来信。我不知道将来会怎么样，但是到目前为止事情并没有朝坏里发展，因为除了在一些最无关痛痒的事情以外，我都成功地逃避了任何责任。”
关于鲍林“独裁”倾向的忧虑看来是言过其实了。也许全系的科研重点有所转移——诺伊斯偏好的是无机物理化学，而鲍林注重的是新的生物有机化学——但是教师们很快就意识到，不会发生什么大的变动。系里的生活平稳、和谐地延续着，至少在表面上看来如此。
只有少数例外。托尔曼，作为诺伊斯的好朋友，客客气气地和鲍林保持着距离；在客套之外，他们的关系再没有热络起来。另外一个是唐·尤斯特，一个固执己见、独来独往的无机化学家。鲍林记得他“有些跟我作对”，也许是因为尤斯特对化学系的重点偏离自己的领域心怀不满，也许是因为鲍林对上回尤斯特没能找到他所预言的氙化合物仍耿耿于怀。尤斯特在加州理工学院一直呆到退休，经常和鲍林对着干，在系里的许多决策中他是唯一的反对票。他也不刻意隐瞒自己对鲍林的敌意，有时候发展到两人一句话也不说的地步。
除了这些偶然事件外，加州理工学院化学系在鲍林的领导下不仅生存了下来，而且进一步壮大。两年之后，鲍林骄傲地向韦弗报告说，化学系的研究生数目从25个增加到了45个，博士后的数量也翻了一番。学生们拥向加州理工学院，不仅因为诺伊斯创建了一个强大的化学系，而且因为现在鲍林是掌门人。他以自己的化学键和分子结构思想推动着化学的发展，在前面领路。30年代中期的一位研究生维纳·舒梅克说：“许多学生是因为听说过鲍林的名字，所以才到加州理工学院来。他也没有让任何人失望。他总能创造一个接一个或大或小的奇迹。”理查德·诺伊斯，依利诺伊大学化学系主任的儿子，在30年代末本可以到任何一个研究生院去学习，然而他选择了加州理工学院，因为它“欣欣向荣，……是世界上学习结构化