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细致、精确，逻辑严密，这正好填补了鲍林理论灵感的火花和跳跃性思维留下的空缺。科里谨慎，鲍林果敢；科里性格内向，鲍林脾气爽朗；科里出言谨慎，鲍林性急口快。鲍林冲在前面，满脑子都是蛋白质的宏伟构思；而科里总是耐心地去获取所需的X射线数据，并一再劝戒鲍林不要冒失地发表尚不能肯定的观点。
他们的合作可谓是珠联璧合。
1938年5月16日，鲍林作为加州理工学院化学和化学工程系主任，在公开场合第一次发表了重要讲话。这是新落成的供有机化学研究的克莱林实验室的捐献仪式。实验楼共有6层，地下3层，地面3层，把化学系和生物系联结在一起。由鲍林牵头，向洛克菲勒基金提出的赞助申请很爽快地得到了批准——加州理工学院将在五年时间里获得25万美元，包括招聘新教授的经费，购置克莱林实验室专业设备的款项，以及鲍林自己的结构化学项目的每年1万美金——能将诺伊斯身前最后一个项目变成现实，鲍林感到十分自豪。参加仪式的人群中有加州理工学院的所有最高领导，以及南加利福尼亚地区许多有钱有势的男男女女。
鲍林的讲话简短扼要。他站在露天的讲台上，春风吹拂着他的头发。他谈到了将在新的实验室里进行的研究工作，说在这里一小群科学家将探索“对人类生命具有深刻影响的知识，而对这些知识的认识才刚刚起步。……以及研究化学结构和生理活动的关系……”。捐助这幢楼的爱德华德·克莱林是一个退休的钢铁巨头，他用更朴实的话说出了自己的期望：“……如果这种研究不能找到什么仙丹的话，那么至少可以更好地了解生命的过程，可以为人们带来更加健康、更加长寿的幸福生活。”人们对他俩的讲话报以礼貌的掌声。接着鲍林一一同现在和潜在的捐款人握手，最后才开始动手将仪器设备搬进新的实验室。
克莱林实验室标志着跑林生活中新的一章的开始。实验室的完成不仅扩大了他的实验场地，而且进一步确立了他的领导地位。他能够为实验室配备最优秀的人才，最现代化的设备——X射线光谱仪，超高速离心机，电子衍射仪——并以此将化学推向新的方向。他对实验室和捐助人满意之极，以至于与爱娃商量，将他们的新生儿取名为爱德华德·克莱林·鲍林，让所有人都颇感意外。（鲍林说：“护士建议给孩子取名为卡布斯，我们没有同意。”）
他们的家庭生活也进入了一个新的阶段。现在有了四个孩子和较高的薪水，鲍林夫妇需要、也承担得起一所大一些的房子。就在克莱林实验室落成后不久，他们在离校园5英里的威尔逊山下买了一幢房子。房子很漂亮，占地两英亩，面对一条峡谷，景色壮丽。他们开始规划梦幻家园——一幢结构随意的加利福尼亚农场风格的建筑，两翼厢房按一定角度联结在一起，正面是砖坯墙面。设计以适宜居住为本，不图外形美观。室内色调，冶人，客厅内有一个很大的壁炉，到处是书橱，还有很多场地供孩子们游戏。有6间卧室（四个孩子每人一间，鲍林夫妇一间，女仆一间），客厅旁有一间鲍林的书房，还有为爱娃准备的大厨房和园地。鲍林积极参与了设计的每一步骤，并向建筑师提出了许多不同寻常的要求。其中之一是鲍林的书房要求被设计成晶体的形状：八边形，周围是书架，一面能够看见峡谷。另一建议要求两翼厢房的夹角正好是104。67度——碳的正四面体键角角度。设计师满足了他的第一个要求，但是劝说鲍林放弃了第二个想法，因为设计起来实在过于复杂。最后双方妥协，将角度改为120度，苯的键角角度。
所有这些都很费钱，但是鲍林出得起。9000美元的年薪在大萧条时期是一笔巨款。在穷苦中长大，并度过十多年研究生和低级教员清贫生活的鲍林决心好好地花钱，并且花出些样子来。作为对自己获得系主任一职的最后奖励，他给自己买了一辆时髦漂亮的林肯西风轿车。日后他将越来越钟情于飞车。
克莱林实验室完工之后，寻找科学家的任务就显得重要起来。最初的打算是聘用一位世界级的资深有机化学家来辅助鲍林，一个能够吸引资助和学生的人物，这样可以尽快保证项目的成功。另外，洛克菲勒基金还有足够的钱来招募一两位有前途的青年科学家。
资深有机化学家一职有些问题。科南特显然不可能，而鲍林又看不上其他的美国学者，韦弗只好派人到欧洲去招贤。他和鲍林花了一年时间向苏格兰有机化学大师亚力山大·托德大献殷勤。托德有相当成功的历史，而且他的结构观点正好和鲍林的观点相符。他们出钱邀请他来加州理工学院住了六个月，希望南加利福尼亚的暖流和热情会发挥通常的魔力。然而在访问之后，托德决定还是呆在英国。后来，鲍林对一位匈牙利科学家拉斯罗·泽希迈斯特产生了浓厚的兴趣。他的特长是运用一种最近被再次发掘出来的色谱法对有机分子进行提纯和研究。这一技术将有机分子溶解在溶剂中，并让它们穿越一个固体，如一张纸或是纯净的硅石。取决于溶剂和使用的固体，有些分子移动得快，有些分子移动得慢；最后纯净的形式可以被完全分离出来。“泽希”（这是别人对他的称呼）对胡萝卜素特别感兴趣，这些大分子给胡萝卜和西红柿染上黄色和红色。胡萝卜素是与非蛋白质结合的分子——同血红蛋白中的毗咯一样，它们具有单键和双键相间的结构——鲍林对它们的结构和色谱法这种有用的工具很感兴趣。尽管韦弗的反应并不热烈，认为这个匈牙利人的知名度太低，难以引来别人的赞助，鲍林还是聘用了泽希。这一决定好坏参半。泽希将色谱法引进美国，并使它成了一种被广泛使用的实验室重要工具。但是他没有什么学术上的雄心壮志，无法同托德日后取得的巨大科学成就相比。
在青年学者方面，韦弗推荐了卡尔·尼曼，一位青年蛋白质化学家，他早在洛克菲勒医学研究院期间就为自己赢得了声誉。鲍林非常喜欢他，也乐意聘用他。接着鲍林竭力建议聘用一对兄弟，R·R·威廉姆斯和R·J·威廉姆斯，他们的研究兴趣包括维生素B。不过当韦弗表示“不怎么十分满意”时，鲍林退缩了，转而聘用了威廉姆斯兄弟的一个青年合作者埃德温·布克曼来填补第二个空缺。
在担任系主任的一年里，鲍林证明了自己具有惊人的领导才能，而且与诺伊斯的风格截然不同。诺伊斯在幕后默默地团结大家将一个又一个宏伟的计划付诸实施，改变了科学教育的方式，并建立了一个将美国的科学水平提高到世界水平的学院。他是独一无二的国王。鲍林敢于冒险，富有洞察力和创见，更为野心勃勃，自己的科研和形象也极为成功，他将给加州理工学院化学系打上自己的印记。
没有人称鲍林为国王。比较相近的一个称呼是莫斯基1938年从洛克菲勒医学研究院听来的。莫斯基写道：“哦，顺便跟你说一句，那天我和伽瑟（研究院的新任院长）谈论起你。他称你是‘怪杰’。我希望你不会感到自己将因此受累。”
10 纤维组织和链状结构
女爱因斯坦
鲍林并不是唯一一个用理论方法来研究蛋白质分子结构的科学家。多萝西·林奇也以同样的方式在努力着。实际上，她认为自己已经解决了这个问题。
林奇1894年出生在阿根廷的一个英国工程师家庭。她在英国学习数学，然后转向哲学，成为罗素①的信徒，并在罗素的波希米亚的社会主义者圈子里小有名气。她嫁给了一位物理学家，并成为第一个从牛津大学获得理学博士学位的妇女。之后她留校教授数学，并发表了多篇论文。她落拓不羁，超前于她的时代：争强好胜，抽烟，言语尖刻，追求独立的事业（她从不用夫姓发表文章），并对一切东西都充满了好奇。（除了取得过许多学术成就之外，她还就父母都在外工作的家庭中的问题写过一本社会学方面的小册子。）在追随罗素学习的日子里，她认识到所有的科学进步都直接来源于数学和逻辑。她首先将这一信念带到物理学中，接着又将
①罗素（Betrand Russell，1872—1970），英国哲学家、数学家、逻辑学家，分析哲学主要创始人，世界和平运动倡导者，获1950年诺贝尔文学奖。这一信念带进了生物学。
但是她一直与重大的科学发现无缘。在30年代初期——年近40，与丈夫离异，带着一个小女儿——林奇成为一个学术上的吉卜赛人。为了学习遗传学、胚胎学和蛋白质化学的新领域，她磨破嘴皮，到欧洲各地的生物实验室中见习。她加入了理论生物学组织，一个由英国前卫科学家组成的非正式的小团体，包括蛋白质晶体学家约翰·伯纳尔和多萝西·霍奇金。他们相信，将旧的学科用一种新的方式结合起来会促成生物学的又一次大飞跃。韦弗总是寻找新的人才以提供资助。他注意到了这个团体，知道了林奇这个人，阅读了她将数学应用到染色体收缩上的论文。在1935年，他慷慨地给了她五年的研究基金。
她很快就获得了成果。1936年，林奇提出了一种全新而又怪异的蛋白质结构。按照她的理论，氨基酸并不只是首尾相连，它们有可能以更为复杂的方式彼此联结，因而形成的可能不是链状结构，而是蛋白质纤维组织。她承认这种类型的化学键尚没有得到证实，但是争辩说，目前大家对蛋白质的了解甚少，可能存在未被发现的化学键形式并非是无稽之谈。
她是一个数学家，而不是一个化学家，但是她的纤维结构与一些实验数据吻合得天衣无缝。她最得意的一种结构是一个蜂巢形的六边形氨基酸环，将六个顶点捏起来就形成一个封闭的鸟笼结构——根据她的拓扑学计算，总共含有288个氨基酸——许多学者认为这一数字代表了许多蛋白质的基本单位。她称之为“环醇”的这一结构第一次具体地解释了不同于纤维蛋白的球蛋白，引起了人们的纷纷议论。
最初的反应是肯定的。林奇陆续发表了一些论文，详细阐述了她的环醇结构的种种优点，其中包括如何解释蛋白质在液体表面形成薄膜的能力（她说，这个笼子可以打开，形成一个扁平的飘浮物），如何激活动物体内的抗体（她认为，氨基酸的侧链可以从笼中伸出去，这就提供了反应点），等等。蛋白质专家们认真地阅读了她的文章。阿斯特伯里一开始也认同她的模型，因为他提出的一种角蛋白折叠的链状结构与林奇提出的六边形结构相差不多。
林奇一头扎进了对蛋白质结构的研究之中，自学有关X射线晶体学的基本知识。她敲开了剑桥蛋白质实验室的大门，建议进行各种实验，并拖住遇见的每一个人热情地讨论她的研究工作。不久，她掌握的知识就令她能够对X射线图谱作出有用的数学解释。她满怀激情，喜好争论，越来越痴迷于自己的研究。她试图说服每一个她觉得应该说服的人接受自己环醇的观点。她开始在科学会议上宣讲自己的思想，而报纸也开始关注这位不同凡响的女性，她似乎离解开蛋白质结构之谜的终点已经不远了。有一份报纸甚至称她为“女爱因斯坦”。
1936至1938年期间给予林奇和她的环醇的关注，在分子结构领域的学者之间引起了一定的反感。球蛋白专家伯纳尔注意到，由于林奇缺乏化学和生物学的基本知识，她的理论中存在许多缺陷。她的假设当然非常有趣，但只不过是众多理论中的一种，而且还有许多地方值得商榷。她模型中要求的四个方向的氨基酸联结从来没有被有机化学家亲眼看见过；尽管不能完全排除这种可能，但是也没有新的证据来支持这一论点。林奇的反驳——“蛋白质与别的物质截然不同，所以尽管在有机化学中没有与这一结构相类似的构造，又有什么难以接受的呢了”——也难以在研究人员中引起共鸣，因为他们对肽键的联结方式的认识早已被实验所确认。林奇的个人风格也于事无补；有些人觉得，作为一个科学家，她有些不安分，而作为一个女人，她无疑又太过分了。她让人们陷入思考，但是同时也让人们心绪不宁。蛋白质学者这一个小圈子开始分化为支持她和反对她的两派。
在林奇试图说服的人的名单中，鲍林排在很前面的位置。早在1936年夏天，林奇就给鲍林写信说：“我十分希望能有机会与您谈论一下蛋白质理论。”鲍林的反应十分热情；他们互相交换研究论文。林奇又一次写信给鲍林：“我仍然急切地想与您促膝长谈。”在1937年春天，鲍