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当时很多美国人像鲍林一样渴望了解原子弹的技术原理。作为一种比过去的任何武器都要强大几百倍的新式武器，原子弹也点燃了公众兴趣的火球。每个人都想了解科学家是怎样把它制造出来的。广岛爆炸后的几个星期，一个了解鲍林兴趣的人邀请他去扶轮社的午餐会上作一次关于原子弹的科普讲座，要求他用外国人也能听懂的语言解释原子弹的爆炸机理。鲍林既不是原子物理学家，又不是实际参加曼哈顿计划的众多工作人员之一，因此他对自已被邀请作这方面的报告有点惊讶，但是他觉得自己有足够的知识作好这件事。除了他过去作过的美国现状系列讲座外，他还很少面对非科技工作者作过演讲。他觉得最好要带一些教具。
鲍林将一只木球锯成两半，并挖成空心，然后用力把它们拍到一起，发生很大的声响。这个教具管用！报告时，鲍林借助黑板图文并茂地解释核裂变的过程。诸如铀、钅不这样一些不稳定的大原子的核里面含有大量的质子和中子。这些不稳定的原子遭到中子轰击时就会发生分裂，同时释放出巨大能量，并使更多的中子解脱出来。这些解脱出来的中子又使更多的原子发生分裂，从而形成了连锁反应。鲍林告诉听众，如果能够控制反应进程，减缓反应速度，那末原子能产生的巨大热量就可用于驱动燃汽轮机。这就是廉价而取之不尽的原子能的理论基础。
如果反应进行得很快而又不受控制，其结果就是一枚炸弹。炸弹的中心是几磅铀或钅不的某种同位素，做成空心球的形状，就像他带来的木球模型一样。关键技术是如何起动核的连锁裂变，使得几乎所有的原子核同时分裂。而曼哈顿计划的工程师们成功地解决了这个问题。他们围绕炸弹的中心部位放置了常规炸药，炸药点燃后，就从各个方向快速地压缩中间的空心球。鲍林把带来的两个木质半球用力地拍打在一起，连锁反应就此起动，巨大的能量一下子释放出来——轰！
讲座给扶轮社成员留下了深刻印象。消息一下子传开了：这里有一个报告作得很棒的大学问家。于是到处有人请他去作关于原子能的报告，鲍林成了南加州最受欢迎的演讲者之一。
但是不久之后，他对原子弹技术方面的兴趣很快就被其他方面更重要的关注取代了。早在原子弹袭击广岛之前，芝加哥、洛斯阿拉莫斯和田纳西州奥克里奇等地的原子弹实验室里的研究者们就已经开始组成讨论小组，研讨他们所做工作的社会和政治含意。这些原子能科学家比任何人更清楚原子弹的实际威力。他们深知，美国对这种威力强大的武器的控制将会改变世界地缘政治的平衡。广岛大爆炸以后，其他的大学和政府实验室也相继组织起讨论小组，原子弹造成的巨大破坏以及被烧焦的妇女儿童的惨象引起普遍的憎恶和义愤。科学家们因为创造了“这种炸弹”而增添了一种特别的责任感。他们在一起议论科学家的责任，并探讨在未来年月里如何控制这种新的能源。
随着讨论的深入，鲍林愈来越深刻地认识到，在新的原子能时代，科学家承担着前所未有的社会和政治责任。他在广岛爆炸一个多月后写给友人一封信，里面写道：“毫无疑问，由原子能的巨大破坏力给世界带来的问题压倒了其他任何问题。我认为，我们除了进行原子能的专业研究外，还要让世人了解科学活动的政治含义。”
在帕萨迪纳，由加州理工学院、亨廷顿图书馆和威尔逊山天文台的一些成员组成的小组也开始讨论原子弹的后果。鲍林是成员之一，参加讨论的还有奥本海默，他在密立根退休后刚刚回到理工学院。奥本海默给世界带来了原子弹，现在他十分关注如何控制这种武器。小组成员经过讨论达成了这样的共识：原子弹的出现改变了战争的本质，使其后果难以想象；而控制这种武器的唯一可行的办法就是成立某种形式的全球政府。在给芝加哥大学校长哈钦斯的一封信中，鲍林写道，为了保护世界免受原子战争的“难以想象的巨大破坏”，“有赖于成立一个民主的世界政府——全世界人民自己的政府，就像美利坚合众国的政府一样。”
在美国各地自动组织起来的几十个科学家讨论小组也在相当程度上达到了同样的共识。这种现象发生在传统上脱离政治的科学界里，是前所未有的。这些科学家以及他们的助手突然议论起政治来了，他们三三两两地聚集到客厅和教师俱乐部里，坐到会议桌和餐桌旁，剖析原子弹的政治含义，怀着负罪的心情寻找恰当的方法，以保证他们的发明创造能够造福而不是毁灭人类。几乎在一夜之间，这些多数还很年轻、很理想主义的青年科学家发现了共同肩负的社会责任，而这在以前是他们没有意识到的。他们还为解决原子弹问题开出了相同的药方。科学家是启蒙运动中的儿童。他们都像鲍林一样，相信人类的理智、进步和善良的本性，相信科学方法的价值，信仰民主。他们本身的生活经历验证了这些东西的价值。在战后的最初几年里，科学家对原子弹的认识达到了高度的一致。这个事实说明，只要接受适当的教育，任何理智的人都能得出与他们相同的结论。
于是，接下来的重要任务就是对科技界以外的人士进行教育，使他们认识原子弹带来的各种新问题，并让公众懂得，只有进行理智的思维才是正确处理原子弹问题的最好方法。帕萨迪纳讨论小组计划写一本书，目的是“指导科技界以外的有识人士认清当前形势，向他们解释问题的由来以及解决问题的出路”。书中将突出科学方法的重要性：“用科学武装起来的头脑能够抵御欺骗性宣传的侵袭，”并使人摆脱“狭隘和偏见，伪善和空想”，而这些人类缺陷正是战争的根源。书中还要强调对原子能实施国际监控的重要性。分配给鲍林写的那部分内容是，阐述实现世界和平的重要性，说明在一个没有战争的世界里，科学家可以自由创造出大量的新药和各种节省劳力的机械。他们还计划在书正式出版后，举办系列讲座以传播“和平的福音”。
科学家一旦从政治休眠中醒来，一旦意识到他们拥有共同的信念，他们就力图传播自己的思想以改造世界。原子弹这个科技罪恶的最高象征似乎为科学家提供了一个机遇，使他们能够宣传事物的另一个方面——科学思维带来的最高福祉。
然而可悲的是，他们完全脱离了当时的政治现实。就在科学家宣传共享原子技术秘密的时候，政府和军方却在对共产党的扩张主义感到忧心忡忡。奇怪的是，科学家对这个问题好像没有丝毫的担心。在这方面鲍林仍然是一个典型。鲍林并不是人民阵线那类组织的成员，他并未因经济大萧条而认为必须仿效苏联以拯救全世界的工人阶级；但同时他也不认为共产主义是罪恶的化身。他认为苏联是击败希特勒的重要盟友，但又是一个内部纷争十分专制的国家；改造苏联的最好办法是向它大量灌输新思想。
在第二次世界大战的中期，鲍林与其他一些名人，例如爱因斯坦。麻省理工学院院长康普顿、古根海姆基金会的爱迪洛脱莱等人，一起参加了美苏友好全国委员会，这个组织致力于推进两国间的科技交流。“让我们展望这样的美好前景：大批美国科学家到苏联的实验室去讲学和工作，美国学生到苏联的大学去学习，而同等数量的苏联科学家和学生也来到美国，大家把各自最先进的东西教给对方，”鲍林在1943年致这一团体的科学代表大会的一封信中这么写道。然而鲍林设想的前景只能在和平环境中才能实现，而且这种和平必须建立在世界范围的全面合作和公开交流的基础之上，是科学家心目中的一种基于理性的和平。
鲍林关于和平的设想未免失之天真。1945年初，他被提名参加由20名平民和20名高级军官组成的国家安全研究委员会，到首都华盛顿开会研讨战后世界局势。鲍林将此作为自己的莫大荣誉。他怀着急迫的心情出席委员会第一次会议，并期望会议期间军民双方可以相互学习，取得重要成果。
然而会议一开始就出现了使人不安的事态。加州理工学院火箭计划的负责人洛里岑向将军们建议，我们必须弄清战争是怎样爆发的，又怎样才能避免战争，委员会应该支持这方面的调查研究。军方对这项建议的反应是一阵难堪的沉默，他们中一位代表指出和平问题不属委员会的议事日程。鲍林站起来对洛里岑表示附议，他说：“主席先生，这是一个极端重要的问题，我们现在就决”定将此问题排除出委员会的职责范围是很不明智的。“鲍林觉得自己的话很重要，因此当会议结束时在自己的笔记本上记下了这句话。
很明显，军人和科学家的想法不一致，因此会议也没有取得任何重要的成果。双方的不同态度集中反映了指导思想的差异。在将军们的眼里，原子弹就是一种武器，它的研制由军方领导，其秘密由军方控制，其使用服务于军事目的。苏联红军是世界上规模最大的一支军队，它决不会放弃从德国人手中解放出来的那些东欧国家。面对苏联的侵略，世界各国共享原子秘密是不可能的。世界也许正在走向另一场战争——资本主义与共产主义之战，脱离这样的大背景认识原子弹的意义是愚蠢的。而在科学家的眼里，原子弹的威力是科学家应用新技术的一大成果，如果这一技术能够加以公开，并供各国共享，则将造福人类。他们通过讨论感到最不安的是，军方将继续单独控制原子弹及其相关技术，并继续对研究工作实施严格保密，这就彻底扼杀了共享技术、造福人类的任何可能性。
争执的舞台已经搭就，而争夺的对象是对原子技术的控制权。
当全国还在欢庆对日作战胜利的时候，脾气暴躁的格罗夫斯将军——军队工程部门的负责人，曾监管过五角大楼的建设以及曼哈顿计划的实施——却已着手为军方控制原子弹技术进行立法。他为国防部起草了一个精心构思的法案，其内容能满足军方和科技界双方的要求。法案建议成立一个包括军方人员在内的九人小组来管理原子能的开发工作，再由这个小组向一个常设的专职部长作出报告。表面看来，这个法案提供了一个军民共同控制原子能的组织机构，内容温和，因此获得了一大批有影响的科学家的支持，包括奥本海默、布什科学研究与发展局的一些负责人以及参与曼哈顿计划的一些重要人物。这项以提案人的名字命名的海—约翰逊法案于1945年10月4日向议会提出。5天以后，在没有事先通知的情况下，就在议会的军事委员会举行了简短而又敷衍了事的听证会。发言者众口一词，均持肯定态度。
某些当事方明显表现出来的急于通过梅—约翰逊法案的举动在科技界迅速引起了反响。各地的讨论小组纷纷指出，该法案仅由国防部一家起草，并获军方的完全支持。尽管支持者口头上赞成非军方控制，而根据法案，陆海军完全可以、甚至能更加容易地对拟议中的九人小组实施有效控制，而且看起来格罗夫斯本人已瞄准了部长这一职务。不过过了几个星期，各地的讨论小组就开始集会反对梅—约翰逊法案。
由加州理工学院的学生和博士后组成的讨论小组的活动很具代表性。他们开始在学院教工俱乐部的被称为雅典娜神殿的地下室里，开会研讨原子能技术的影响及控制问题，并很快成立了一个名为帕萨迪纳科学家协会的组织。该协会的宗旨是“更好地承担科技工作者在促进人类福利和维护世界和平方面的日益加重的责任”，协会主席、副主席以及一些发起者均来自鲍林的实验室，他们都反对梅—约翰逊法案。
1945年11月底发生的一件事情给反对派的活动注入了新的动力。一批美国军人进入被占领的日本原子能实验室，拆散了5台研究型回旋加速器，并把部件扔进了大海。后来了解到这些加速器是严格地用于非军事目的的，尽管格罗夫斯很快就公开道歉，但是日本科学家极度痛苦的呼唤在美国科技界激起了广泛的共鸣。此事清楚表明军队根本不懂得纯科学研究的基本知识，因此美国原子能研究的控制权显然不应该放在他们的手里。
于是，1945年的秋季，几十个精力充沛的青年科学家来到首都华盛顿，他们中有鲍林以前的学生科耶尔，他辞去了奥克里奇原子能实验室的工作，全力进行反对梅—约翰逊法案的斗争。各地的讨论小组联合组成了一个全国性的组织——原子科学家联合会，并在国会山附近的一幢无电梯的大楼里�