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对众议院非美活动调查委员会的那些人来说，在电影界举行的听证会不但是一个个人表演的舞台，而且也是扩大自身知名度的大好机会。调查委员会主席托马斯和其他一些野心勃勃的政客发现，通过反共可以把自己打扮成保卫美国的爱国者，在报上大出风头。他们的攻击目标不仅限于电影明星和联邦政府雇员。托马斯写道：“我们的科学家尽管在各自的专业领域里很内行，但对共产党的策略和阴谋活动的历史却一无所知。他们很容易上当受骗去出席会议，签名呼吁，组织或参加各种打着‘自由’和‘进步’招牌的团体，实际上这些团体都属于共产党的统一阵线。”
众议院非美活动调查委员会开始密切注视科学家的活动。毕竞科学家是原子弹秘密的知情者，如果他们把机密泄露给俄国人，那就会改变世界力量的对比。尽管大多数科学家都认为，不管是否通过间谍手段，俄国人迟早会掌握原子弹的秘密——正如爱因斯坦所说：一部分人率先发现的自然界秘密，不久总会被其他人所掌握，但科学家的这种看法并不能左右调查委员会的立场。托马斯认为，确保科学家的忠诚对国家安全至关重要，而9835号行政命令为此提供了必要的机制。当时对科学的资助正转变为由联邦政府拨款——越来越多的科学家或者作为政府实验室和特种机构的雇员而领取薪金，或者从原子能委员会和军方取得资助——从而使得成千上万名科学家变成了临时性的政府雇员，必需接受杜鲁门的忠诚检查制度的审查。他们中许多人在不断的安全检查和联邦调查局的现场调查中，被取消了接受资助的资格。
物理学家康顿成为众所周知的第一个牺牲品。康顿是一位受人尊敬的科学家，美国物理学会的前任主席和国家标准局的现任局长。他性格开朗，机智幽默，讨人喜欢，在国家标准局的工作也无可挑剔，一般说来他不应成为攻击的目标。但是由于他曾经公开领导了反对梅—约翰逊法案的行动，一些右派政客就把他当作动乱分子。1947年，非美活动调查委员会有意向新闻界透露了一些有关康顿的诽谤性材料。这些材料都是些无法查证的传闻和社会关系。比方说，称康顿曾经说过，洛斯阿拉莫斯的安全检查制度是“病态压抑性”的，并因此退出了曼哈顿计划；他曾经建议让世界各国共享原子技术；他在联邦政府的职位是由左倾的前副总统华莱士推荐的，等等，然而根据这些材料已足够给他贴上“我国安全体系中最薄弱的环节之一”的标签了。康顿的私人生活被报纸连篇累胶地披露出来，社会关系也被公开，他的名声遭到了玷污。但是康顿拒绝屈服。包括美国科学促进会、原子科学家联合会和一些有威望的科学家（其中也有鲍林）在内的科学界群起为康顿辩护。第二年，匆忙组织起来的一个联邦调查小组正式宣告，他是清白无辜的。
这件事情算是过去了，但整个科技界却心有余悸。如果说，康顿横遭迫害的唯一罪名是他直言不讳，那么，下一个将轮到谁呢？
14 英国之旅
观察的盲区
1947年夏，鲍林和爱娃开始踏上旅程，对英国和斯堪的纳维亚进行为期两个月的访问。他们这次访问欧洲，既是讲学，又带有度假的性质。有机会躲避一下国内日益恶化的政治气氛，他们感到非常高兴。这一次，两个人仍把孩子全部留在家里让阿莱塔照料。夫妇俩先到纽约，鲍林出席了在那里举行的量子力学基础理论会议。然后，两人搭乘横越人西洋的新式大型远程客机飞赴英国。虽然在英国仍然随处可见战时轰炸的残迹，物资供应也很短缺，但鲍林夫妇在伦敦的逗留却非常愉快。在那里，英国皇家学会吸收鲍林作为荣誉会员，剑桥大学也授予他荣誉博士学位。6月12日的整个下午，剑桥大学在学校金碧辉煌的理事会大厅举行学位授予仪式。鲍林身穿全套博士礼服，与前英国驻印度总督、葡萄牙大使和其他八位显要人物排成一行，在座无虚席的大厅里穿行而过。他们就座后，开始聆听校方发言人用拉丁语宣读赞美同，其中提到鲍林成功地“解开了……原于结构之谜”。这个十分隆重的学位授予仪式成了鲍林访英活动的一个高潮。
访问伦敦以后，鲍林夫妇来到了斯堪的纳维亚。他们出席了正在那里举行的科学大会，并在海边愉快地度过了一个长假。8月份，他们怀着满意和喜悦的心情，精神焕发地飞回加州。他们急于回国料理个人事务，以便赶在冬天再度一起去英国。鲍林应邀将在牛津大学作为期六个月的伊斯曼讲座的教授。
孩子们看到父母回家，欢呼雀跃，使他们尤为高兴的是，冬天他们将陪伴父母亲一起去英国，他们全家团聚的时间实在太少了。彼得在学校的学习一直不好；聪明、可爱又文静的琳达已经15岁，她想方设法取悦父亲，总害怕父亲不带她去英国；克莱林还只是一个10岁的小男孩，他对父母经常离家外出颇为不满。
小莱纳斯却生活得很不错。这年秋天，他突然宣布与安尼塔·奥赛订婚，使他的父母大吃一惊。奥赛是麦考密克①洛克菲勒②两人的曾（外）孙女，国内最大一笔私产的继承人。他们的爱情带有童话色彩——一方是德高望重的科学家的性格沉稳的儿子，另一方是美国财界首富的美丽可人的女儿，因此媒体广泛报道了他们订婚的消息。9月，两位新人在鲍林的梅德尔寓所的草坪上举行了简朴的婚礼。对鲍林来说，这又是一大喜事；他觉得，世界上的事情应该是这样安排的。为了实现自己的美国梦想，他辛苦劳碌了一生；而现在，就在这山坡豪宅绿绒绒的草坪上，在南加州金色的阳光下，一群富有而显赫的贵宾相互祝酒，这无疑向世人宣告：他成功了！
①麦考密克（Cyrus McCormick，1809—1884），美国工业家，发明家，1831年发明收割机，因建厂生产收割机而致富，后组建世界最大的国际收割机公司（1902）。
②洛克菲勒（John D·Rockefeller，1839－1937），美国洛克菲勒财团创始人，创办俄亥俄美孚石油公司（1870），将其改组成美国第一个托拉斯（1881），后任新泽西美孚石油公司董事长（1899—1911），捐款建立芝加哥大学（1892）及一些慈善机构。
12月下旬，鲍林、爱娃和除小莱纳斯以外的三个孩子乘火车到纽约，预定圣诞节的次日搭乘玛丽皇后号离开美国。他们下榻在市中心的曼哈顿旅馆。家人们在房间里相互交换圣诞礼物。往窗外望去，他们惊喜地发现天空下起了纷纷扬扬的大雪，这是鲍林一家首次度过的白色圣诞节。一家老小兴高采烈地跑到室外玩雪，连鲍林和爱娃也捏雪球抛向街边的路牌。
然而，第二天清晨一看可傻了眼：好事过了头！一夜暴风雪把整个城市掩埋在积雪之中，街上不见任何移动的车辆，而轮船在几小时内就要开航，鲍林急得像热锅上的蚂蚁。最后总算找到了出租车，司机表示愿意尽力把他们送到码头——当然车费是很高的，最后好不容易准时赶到了码头。
孩子们上船后乐疯了，他们还从来没有那么开心过。船长推迟了开船的时间，以等待被大雪耽误的乘客。在这段时间里，三个孩子从船头跑到船尾，怎么也看不够。连他们简朴的船舱——鲍林为了省钱只买了三等舱票——似乎也充满了新奇和乐趣。最后，汽笛一声长鸣，玛丽皇后号在鹅毛大雪中徐徐驶离码头。
轮船冲出风雪之后，整个航程都比较平稳，孩子们只是少许有点晕船。旅程中的一天，鲍林在顶层甲板上散步，与一个名叫查格夫的化学家不期而遇。此人是核酸研究方面的专家，他向鲍林介绍了他最近关于分子次级结构（一种类似于嘌呤和嘧啶的结构）的研究结果，并力图引起鲍林的兴趣。但是，鲍林正在度假，而且觉得这个家伙有点夸夸其谈，自我吹嘘，因此颇为反感，他打断了对方的讲话，匆匆跑回船舱。后来，鲍林回忆说：“我没有仔细听他的讲话。”鲍林那始终活跃的思维这次竟然面对新的信息毫无反应，随其流逝，这在他的一生中可算是绝无仅有的，而他以后将为此而遗憾。
鲍林带着家人到达英国后，花了一周时间把全家安置了下来。他们住在伦敦的一套公寓里，并为孩子办好报名手续，让他们到当地的私立学校念书。接着鲍林就开始了他后来称之为“一生中最愉快的岁月之一”。在牛津大学，他是一个典型的美国佬，清瘦颀长，精力充沛，聪明幽默。当他大步行走在建有古老拱门和雉堞的校园里时，他的黑色长袍和灰白色长发在身后飘荡。学生和教授们蜂拥而来听他讲课。“他有轰动效应。演讲厅里挤满了听讲的学生，迟来者只能站着听课，”一个有幸挤进演讲厅的学生后来回忆道，“我从来没有听到过这样精彩的讲课。他讲课时轻松自如，妙趣横生。他的欢愉的微笑，借助计算尺进行的运算，以及自然迸发的思想火花，给人留下了难忘的印象。”
到了晚上，鲍林一家不是应邀赴宴或参加聚会（邀请之多实在使他们应接不暇），就是去看演出、听演讲或欣赏音乐会。鲍林不断会见科学家、实业家、政治家以及市政要人，只要一谈到政治或科学问题，鲍林的谈话总能强烈地吸引住他们。于是各种各样的荣誉接踵而来，他被选为皇家学会的外籍会员，并被牛津大学、伦敦大学和剑桥大学同时授予博士学位——他被告知，他是到当时为止唯一一位得此殊荣的人。
英国化学学会请他到联合王国各地作巡回报告，包括在伦敦大学和剑桥大学的三次专门的系列讲座。他报告的内容主要集中在分子的互补性理论上。借助于一个标准的分子球棍模型，他的报告就更为生动活泼。他常对听众这么说：“看这里，假如原子真像这个直径2到3英寸的球那么大，那么按照这个比例，观察这个原子的人将有250000英里那么高，就是说，他的身长等于地球到月亮的距离。”
这个头顶碰到月亮的人后来成为鲍林报告时常用的一个形象比喻，他在各种不同的场合用这个比喻来说明有志于攻克大分子结构难题的科学家所面临的挑战。他让听众想象自己是身长250000英里的巨人，这样你看到的地球就像一只台球那么大。你可以看清地球上1000英尺宽的、比如像中央公园或洛克菲勒中心这一类建筑物；而如果使用一种新型的电子显微镜，你就可以看到帝国大厦——当然看不到大厦的内部结构，以及一个个细小的黑点——那是街上的汽车。你可使用半透明的薄膜和超速离心机测出汽车的大小。但往下就出现了一个测量能力的空档。更细小一点的可使用X射线晶体学或电于衍射的方法去测量，这种技术具有令人难以置信的精确度，以至可以确定汽车上的插销、铆钉和齿轮的形状，但不能分辨出比它们更大的东西。
于是，在观察能力方面出现了一个空档，一个处于电子显微镜分辨能力与X射线衍射分辨技术之间的观察的盲区。对这个身长为250000英里的人来说，这一盲区的存在意味着他确定不了大小为1英尺到10英尺之间东西的形状，包括作为中央公园和帝国大厦的建造者以及汽车、铆钉等物件的制造者的人的形状。回到正常的尺度来问同样的问题，你会发现这个“未知的黑暗区域”——如鲍林所称呼的那样——大致处于蛋白质和其他大分子的体积范围内。正是这个尚未探索的区域现在要求人们集中力量去研究。
1948年2月，鲍林应邀到皇家科学研究院作一次周五晚问讲座，这种讲座很正式，每月举行一次，原先由法拉第①于1825年创办，出席者均为英国科技界和社会各界的名流。早先人们是把科学当作艺术一样看待的，科学报告就像手工艺品一样供人欣赏；当时创办这个讲座就是要为伦敦的富人们提供一个欣赏科学研究最新成果的机会。但是后来它逐步演变成为重要的科学报告会，只有那些取得重大成果的人才有应邀作报告的资格——比如说，汤姆逊②在这里举行讲座时宣布发现了电子。一位经常听讲的人士回忆道：“听众都是对优秀报告具有高度艺术鉴赏力的行家。演讲者和听众都身穿正式的晚间礼服，报告过程严格按传统礼仪进行，充满了一种与报告重要性相称的气氛。”
①法拉第（Michacl Faraday，1791—1867），英国物理学家和化学家，发现电磁感应现象（1831），电能定律（1834）和磁与光的关系（1845），并研究气体的扩散和液化合金钢的性质等。
②汤姆逊（Sir Joseph John Thomson�