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鲍林还责备自己对DNA的成分缺乏有关的知识。“如果我们对嘌呤和嘧啶进行过一些研究的话，那么我就会具备必要的基础知识，从而就可保证研究工作不会偏离正确的方向。然而我们对嘌呤和嘧啶根本就没有作任何研究。
每一种说法都有一定的道理，但都只是谈论到问题的外表，并没有触及问题的本质。
鲍林之所以在DNA的研究中跌了跤，可以归之于两方面原因：浮躁和自负。他急于求成，因为DNA是当时最大的研究课题，要是他不去攻克，就会有别人——很可能是某个英国人——很快去抢占这一个高地。尽管他否认自己在DNA结构问题上在与英国的学者竞争，——“我并未感到自己在与沃森和克里克竞赛，”他说道。“倒是他们认为在与我竞争”——实际情况是，他确实在竞赛，对手不是沃森和克里克，而是威尔金斯和富兰克林，特别是还有他的老对手劳伦斯·布拉格爵士。鲍林之所以希望很快就公开自己的DNA结构，目的就是要打败布拉格的课题组，打败威尔金斯的课题组。但是，他还没有把研究的准备工作做好就想碰碰自己的运气了。
更为重要的是，他急急匆匆地行事，原因还在于，他认为自己有办法补上留下的漏洞。他在阿尔法螺旋上取得了成功，因而变得很自信，认为自己完全能跳跃着前进。他在30年代后期作出的基本假设全是正确的；在15年中所作的深入研究全都证明了这一点。他关于氢键、平面肽键和非整数循环等所作的探索都得到了正确的结果。只要他坚持在他所熟悉的化学领域里驰骋，他就无往而不胜。
阿尔法螺旋给他套上了成功的光环，同时也让他染上了自负的恶习。在解决了阿尔法螺旋问题后，他以为自己不再需要做别人需要做的那些研究的准备工作了。很清楚，他是世界上解决巨分子结构——甚至包括其他各种分子结构——的最佳人选。他知道，自己曾用两年的时间将阿尔法螺旋的基本结构正确地装配起来，然后才发表有关的结果。在这长长的两年中，布拉格随时都可能找到其答案，将自己甩在后面。那时，鲍林曾一再迟疑不决，因为他吃不准5。1埃这个X光反射的数据，经过试验才观察到，这个数据根本与结果无关。他一定要相信自己的直觉，相信自己对结构正确性所具的敏感。他知道自己的三链DNA结构实在太紧密，知道带有负电荷的磷酸存在着互相排斥的问题，但是他相信这些问题以后必定会得到解决，正如在阿尔法螺旋问题上，那个迟迟无法说明的反射现象最终还是作为盘绕螺圈的特性得到了解决。在他的模型中心部位装磷酸，看上去是那么漂亮，那么巧妙，不可能是错误的。
他渴望着抢头功，他投下了赌注，结果却输掉了。
尽管他不久又像平常一样，兴高采烈地回到了实验室，但是，在他后半辈子生涯中，他当然会感到很后悔。在几个月时间里，他还在这个问题上与里奇开玩笑，问起他关于DNA的一种特殊形式课题有什么进展，最后会加上一句：“亚历山大，在这个课题上，你一定要加油，因为我希望大多数重要的发现都是在帕萨迪纳作出的。”
文献中，在阐述DNA发现的历史时，学者之间的明争暗斗无形中带上了种种传奇的色彩。沃森和克里克将位于舞台的中央，而鲍林只能充当幕后人物中一个较小的角色。这是一个远方传奇大力士被两个无名小卒砍倒的故事。1953年以后的一年里，任何人碰到鲍林，不管是科学家还是作家，都要问他是在什么地方失误的。
爱娃·海伦终于对此感到厌倦了。她听到这类疑问和解释后，总会用一个简单的问题来打断丈夫的话：“要是这个问题是那么重要的话，”她质问丈夫道，“你为什么在以前不更加卖力一点呢？”
18 诺贝尔奖（一）
沉默
1953年夏天，加州理工学院传开了这样的说法，就是鲍林的新大楼是用人家归还的债款建造起来的，这笔旧债还是在以前赛马时欠下的。
生物化学诺曼教会实验室是具有相当规模的研究设施。这幢大楼将鲍林的化学楼与比德尔的生物实验室联系起来了——这也是他和比德尔制订的宏大计划在房产方面的体现。建造这幢大楼的资金是由一位长期担任加州理工学院董事的有钱人在遗嘱中提供的。此人生前的爱好之一是豢养赛马。杜布里奇经常对人谈起一件往事。在30年代，有人指控教会让马服用兴奋剂以求取胜。教会向他的朋友威利肯打听，加州理工学院有没有人能对赛马进行科学的测试，以便洗清教会的名声。威利肯推荐了鲍林。根据杜布里奇的说法，鲍林想出了一种能够测定教会饲养的良种马是否服用过药物的办法，测试的结果证明这些赛马都是清白的。“诺曼教会一直没有忘记这件事，”杜布里奇说。“教会终于摆脱了麻烦，同时也算欠了威利肯和鲍林一笔人情债。”这笔债一直到二十年以后才归还，据说是总数为150万美元的遗赠，被用于建造鲍林这幢新大楼。
这是一笔数额巨大的资金，但要完全造好鲍林想要的大楼，仍然有很大的缺口。在鲍林的心目中，教会实验室象征着化学的未来，预示这门古老的学科将要驱动新型生物学未来的发展。在他的设想中，这将是一幢气势宏伟的五层大厦，一座用于基础科学研究的殿堂。它应当是全校最大的建筑。实验室有两层设立在地下，三层建筑在地面上。一排排明亮宽敞的实验室，里面装置了各种各样的现代化设备，同时为生物学研究和化学研究提供均等的服务。
它应当是一幢大建筑。鲍林实在太需要宽敞的地方了，比德尔也有同样的需要。由于战后科研资金急剧增加，加州理工学院这两个系的员工数在不到五年的时间里增加了50％。鲍林的富有创新精神的科研项目吸引了好几十名博士后研究者，每一个人都要有实验室和研究的场所。原先的盖茨实验室和克莱林实验室中绝大部分都是供他们使用的，其他专业的教职工已开始抱怨，一些不属于化学的项目，如坎贝尔的免疫学课题，已被挤得无处安身了。
因此，鲍林设计的实验室大楼，要比教会这笔遗赠足够支付的建筑大一倍——这就与校长杜布里奇的意愿相左了。杜布里奇争辩说，鲍林和比德尔应当量力而行。建造这幢大楼的外壳就用光了这一笔150万美元的资金。50年代初，鲍林开始筹集同样数目的资金，将大楼建成，还要支付室内装修和运行所需的费用。然而谈何容易，早在两年以前，他和比德尔就曾向各个财团募集建造医疗化学实验室的资金，遭到各大基金会的拒绝。在那个年代，联邦政府也不可能拨款建设重大的资金项目。
只剩下一个地方可以碰碰运气了，尽管希望也非常渺茫。在1953年初夏的一段时间里，鲍林和比德尔一起，整理出一份长达100页的书面申请，要求洛克菲勒基金会提供一笔为数150万美元的额外资助，用来支付教会实验室最后一期建设的开支和十年以上实验室的运行费用。在许多方面，这是对他们在1945年制订的宏大规划的一次重申。而且，他们现在又进一步扩充了这一计划，列入了分子生物学中15个探索领域里的合作研究项目——从蛋白质结构到病毒的特性，从酶化学到实验性植物生态学，从一般生理学到碳酸化学的会战攻关，可谓是包罗万象，雄心勃勃。这真可谓是奋力一击——鲍林从与韦弗的交谈中已经得知，洛克菲勒基金会不再考虑向这么大的科学项目提供资助——但是，鲍林仍然想碰碰运气。他刚刚在蛋白质结构方面取得成果，这不但对他本人，而且对韦弗，同样都是重要的胜利。因此，他一定要为自己的要求扫清道路。1953年7月，鲍林的要求被转达给韦弗，大家都屏息静候到底会有怎样的结果。
为了最终建成教会实验室，鲍林付出了自己的全副精力。这倒有助于他迅速地摆脱困败在沃森和克里克手下而产生的那种钻心的痛苦。
话虽这么说，这次DNA问题上的经历毕竟还是改变了他从事科学活动的轨道。其中影响最大的是，从此时开始，他失去了对求解巨分子结构的热情。虽然他仍安排了部分人员继续研究一种球状蛋白质的完整结构，更加关注蛋白质聚合成较大结构的途径，继续摆弄着胶原蛋白的一种新模型——他对同事开玩笑说，他的随机方法对每一种结构只能作出一种猜测，但在胶原蛋白的情况下，他和科里都有资格作出各自的猜测——但是这些研究项目都已进入了收尾的阶段；而且是由于惯性才继续进行的。鲍林着实有点心灰意懒了。
科研上没有重大的项目要考虑，鲍林只能在一些杂务琐事上零敲碎打地忙忙碌碌了。他正在组织一次由蛋白质专家参加的国际性会议，时间定于1953年秋季，地点在帕萨迪纳。他写了几篇综述性文章，同时还完成了对《普通化学》的修订。事实表明，该书第二版比以前编写得更出色。他还为《不列颠百科全书》的新版化学卷撰写了几个条目——从孩提时代起他就迷上了这部巨作，因此，能为这部书出力对他来说是一件深感荣幸的乐事。
在这段时间里，他在科学工作上有重要意义的唯一新成果是他关于铁磁性新理论所发表的文章。该文发表在接近年中一期的《国家科学院学报》上。磁性理论是他在俄勒冈上大学时就感兴趣的课题之一。当时，他曾花费一个暑假的时间，试图对一本陈旧的化学手册中介绍的几种元素的磁性作出自己的解释。从一种构思巧妙的基本原理出发，运用他的新理论，就能说明许多实际观测到的现象，因此，他认为这是一项重要的成果。
然而，这篇文章刊出后，似乎并未引起人们多大的注意。几个星期过去了，鲍林仍然不见有什么反应，困惑之中，他提笔给斯莱特写了一封信，问他有什么看法。在他收到的回信中，对方言辞显露出少有的直率。这一新的研究“极为粗糙”，斯莱特写道。“这与我对您撰写的许多论文的意见是一致的。我认为，这类犯了简单化毛病的理论是十分有害的，因为它们容易误导敏感性较差的读者，以为问题好像已经完全解决了，但在实际上，我认为我们在解决这个问题的道路上很难说已经开了一个头。”唉，鲍林心里想，斯莱特这个人向来就是一个数字迷，解答问题不精确到小数点后第十位，他是不会善罢甘休的，因此，他的麻烦就在于看不清大方向。
但是，斯莱特的看法是很有根据的。在此之前十年，鲍林发表了他的免疫学理论，有人曾想提出这样的批评，只是许多科学家还不敢这样做。
而如今，在公众的心目中，鲍林在DNA问题上所犯的错误已记录在案，他不再是不会出错的圣贤了。
在蛋白质和DNA问题上这一段令人激动的岁月里，埃德加·小胡佛一直在严密地监视鲍林，等待着他犯错误，以便将他作为共产党人揭开他披在身上的外衣。1953年夏季，鲍林像往常一样，经过一番周折和拖延，最终因国务院否定了露丝·希普利的意见而领到了护照，又一次踏上了去欧洲的行程。胡佛警告中央情报局、陆军和海军情报机关、原子能委员会和国务院安全办公室，说这位信口雌黄的化学家将会在世界舞台上无所顾忌地乱说。因此，在鲍林拜访居里夫人的女儿、本人也是诺贝尔物理学奖得主的伊伦·约里奥一居里的时候，他一直受到特工的监视。鲍林得知，伊伦由于受到过共产主义的教育，因而被剥夺了担任美国化学学会外籍会员的资格。鲍林为此感到很恼火，认为这是对一位伟大的法国科学家的轻视，同时也是一个令人心寒的信号，表明现在政治也要在一向被认为超越政治的科学社团中发挥某种作用了。鲍林开始对美国化学学会产生了厌恶之感，考虑是否要从这一组织中退出。
7月，鲍林在斯德哥尔摩出席了纯粹和应用化学国际代表大会。他的每一步行动都有人跟踪。在那里，胡佛认为自己抓到了一点把柄：有人报告说，一个名叫拉斯·西伦的瑞典化学教师，强烈主张建立世界统一政府，邀请鲍林和俄国的一些代表参加了在他家里举行的宴会，谁晓得他们在私下里传送了什么情报？胡佛迅速地通知了美国司法部