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内部调查终于在那年秋天结束了。两个委员会都没有发现鲍林参加共产党或是违法乱纪的任何证据。尽管一些董事强烈坚持开除鲍林，教师委员会最终仍决定留下鲍林，说在没有任何证据的情况下开除鲍林不仅将使学校失去一位世界一流的化学家，还将使学校在全世界的科学家面前丢脸。在杜布里奇看来，这次调查是一个成功：既释放了保守的校董们的怒气，又使他能够理直气壮地为鲍林辩护。当他又收到一封信，质问他为什么不把鲍林和其他赤色分子从学校中清除出去的时候，杜布里奇解释说，鲍林的罪名已经被洗刷清楚了，他还加上一句说，“我希望在这个国家中，一个人不会因为他的政治信仰不随大流而遭到迫害。”
让他认识自己的错误
然而这个国家已经今非昔比——即便鲍林不承认这一点。整个50年代，他继续着自己的政治活动，好像什么也没有发生一样：他筹款为怀恩巴姆辩护（尽管在怀恩巴姆受审的大部分时间里他都不在城里，以免出庭作证）；同意充当好莱坞十君子之一的剧作家达尔顿·特朗勃的假释指导人；参加了美国科学工作者协会，这是一个由法国原子物理学家，共产党员弗雷德里克·约里奥—居里①导的左翼国际组织在美国的分支；在美国进步公民协会和艺术、科学和专业人士委员会中保持领导地位；并继续就那些让他惹上麻烦的话题发表演说。
①弗雷德里克·约里奥—居里（Fiederic Joliot…Curie，1900—1958），法国原子物理学家，著名科学家，皮埃尔和玛丽·约里奥—居里夫妇的长女婿，与其妻伊伦·居里（Irene Juliot Juliot—Curie）合作发现中子而共获1935年诺贝尔化学奖。
在那段时间内，他是美国为数不多的几个坚持就和平和民权公开发表自己观点的知名人士之一。当众人明哲保身的时候，他们却承受了个人和职业的风险。尽管人性自然地倾向于保护自己，鲍林却坚守阵地。他当然乐意将所有的时间都投入科学，避免任何政治纷争而专注于揭开自然之谜，并享受由此带来的个人满足、地位、金钱和荣誉。至少在科学上来说，鲍林并不是一个反叛者。他的勇敢表现在他敢于越过学科的界限，但是他的勇气是建立在科学的基本准则和预测上的。他的成功并不在于推翻科学秩序，恰恰相反，他在其中如鱼得水。他比别人更勤奋，更敢于将自己的思想推向更高的层面，实际上，他非常希望成为这种秩序的一部分。他希望得到——而且在一定程度上需要——别人的掌声，需要科学院和学术团体授予的奖励和荣誉。他后来说，从这一点来说，他是一个遵纪守法的人。
与此形成鲜明对照的是，他的政治活动表明他绝对不是一个墨守成规的人。在这一领域中，他公开地挑战权威。拿他的话来说，在麦卡锡时代，“我性格中有两种对立的品格彼此在争斗：一种要我听话，一种要我相信自己的判断。”
在政治舞台上，他妥协的欲望被另一种更为强大的力量所替代：他对自己的信心。在一种层次上，他可以简单地说，就像他在那段时间里经常说的那样，“我觉得投身政治是我作为一个美国公民和一个科学家的职责。”但是在内心深处，他必须为自己冒如此大的风险，给自己和家庭带来如此大的压力寻找一种理由。他以科学家的思维方式苦苦思索着自己的政治信仰。
如同所有科学家一样，鲍林是启蒙运动的产物。和许多启蒙运动的哲学家一样，他用理性替代了上帝，而且他相信理性的思维和科学方法的应用将促使社会不断地进步。知识是钥匙。鲍林的道德观念来源于他相信的真理；他知道自己是一个理性的人，而且他相信其他理性的人只要有足够的知识，也会得出与他相似的结论。
鲍林的信念反映了从大萧条到60年代初期其他许多左翼人士和自由派人士的观点。一些科学家尝试共产主义并参加左翼政治活动，因为这一体系建立在理智和理性之上。法国的伯纳尔和约里奥—居里成为左派，因为他们发现在此可以用科学方法来处理人间的事务。为最多的人创造最多的利益这一社会主义思想在统计学上是完全正确的。苏联在这一意义上也许称不上完美，但是至少它采取了勇敢和必要的步骤来推进人类的进步，如将理性运用到处理人问事务中来，将科学家提升到社会的顶层，并制定出一个个理性的五年计划。相对而言，资本主义提升的是企业家，奖励的是贪婪。
鲍林信仰科学人文主义和社会主义，并用一种独特的美国言论自由补充这一种信仰。在此，他的政治理论相当简单，和他的科学思想同源：建筑在已经证实的知识体系上，将问题分解为几个组成部分，将注意力集中在最重要的部分上，并用新的认识重新将这几个部分组织起来。他相信美国政治的基础——知识体系和公认的智慧——是美国宪法和《人权法案》，他推崇这些文件是启蒙运动哲学的不朽丰碑。在麦卡锡时代，他认为代议制民主和言论自由具有特殊的重要性，并从一种科学的立场来分析这些概念。照他的观点，美国的政治如同量子力学一样，可以用统计学来解释。“真正的民主体系运作的原则是，没有任何人聪明到可以单独一个人对非常复杂的问题作出正确的决定，作出正确的决定就是将民主制度下所有公民的意见加以平均的过程，”他写道。“这些观点对应着一条从左向右延伸的概率分布曲线。如果现在我们说所有位于右侧的观点都是不正常的，取平均值时应该剔除，那么我们得到的平均值就是错误的。只要理解概率，那么民主体系的运作显然要求每个人都有对政治问题表达自己观点的权利，不管他的观点如何。”
因此，他现在处于概率曲线左侧并没有关系。他仍然是一个有效的数据点。他有权表达任何他喜好的观点。至少对鲍林而言，这是一个科学事实。
这一认识激励着他。同时，还有另外一个动因激励他继续发表自己的观点。“大多数科学家停止不前了。我可以理解他们。我能够理解为什么有人认为这一牺牲太大了。他们知道他们会失去工作。他们可能无法继续他们的科学研究。我也有同样的担忧，”他如此评论麦卡锡时代，“但是我将继续战斗，为了继续得到我妻子对我的敬意。”
8月，鲍林收到伯克利学术会议代表寄给他的一封信，请他支持他们，反对加利福尼亚大学校务委员会强迫他们作效忠宣誓。他们在信中写道：“一股恐惧、仇恨和疑虑的情绪已经蔓延到全校。学者们迫于生计，不得不默许一些他们知道将摧毁他们的职业和生活的真正意义的东西。”
鲍林的反应异常激烈。“加利福尼亚大学校务委员会先前引进的政治测试已经使学校受害不浅。这些测试限制了思想自由和对真理的探求，”他在一份公开声明中宣称。“除非校务委员会放弃他们早先的行动，加利福尼亚大学将无法重新恢复其卓越的地位。”他将自己的言论复印了一份送交学术会议，并附上一张便笺，建议校务委员会的成员——他们主要来自工业界、金融界和农业界——应该被一批“理解教育和学术的明智人士”所替代。伯克利学术会议保证报纸广泛地宣传了鲍林的观点。
过了十一个星期，1950年11月13日早晨，一个人走进了鲍林在加州理工学院的办公室，交给他一张传票，传唤他到洛杉矶加州教育调查委员会出庭。鲍林将传票读了两遍，才看清出庭的时间就是当天上午十点半。传票终归是传票。鲍林取消了全天的活动，抓起茄克衫，朝自己的汽车走去。
鲍林以为自己大致了解将要发生什么。委员会一直在就效忠宣誓对公立学校的教师可能产生的影响举行听证会，作为著名的宣誓制度反对者，他推测委员会将自己召去是为了听他的专家证词。不期而至的传票有些不同寻常，但是他急切地希望让委员会了解自己的想法。他一边驾着林肯牌轿车驶向市中心，一边在头脑里整理自己的批评言论。
他不了解的是，这一委员会脱胎于特尼委员会，主席是特尼委员会的一个成员，法律顾问也是特尼委员会的律师。听证会的意图与其说是征询专家证词，不如说是搜寻赤色分子。
上午10时30分，鲍林走进了洛杉矶州政府大楼的大听证室。在宣誓讲真话之后，他坐了下来，对委员会发表他的开场陈词。鲍林真心实意地开始陈述：“我认为没有什么比通过合适的安全措施来维护国家安全更为重要的了……然而，在做到这一点的同时，必须维护我们的个人自由。”他解释了无视概率曲线两侧极端意见的危险，并陈述了他认为效忠宣誓是如何危险地迫使人们顺从。他说效忠宣誓并不能限制颠覆活动，因为真正的颠覆分子会签署誓言，而继续我行我素。鲍林现在改变了对共产党的看法，他和伯克利教师们一致同意，共产党员是狭隘的教条主义者，不应该继续教学。鲍林作证说：“我认为如果涉及共产党活动的话，每一个参与者都应该引起当局的重视，并举行相应的听证会和审判，如果有证据表明当事人是共产党的话，就应该开除。我不认为效忠宣誓和共产党活动有什么关系……那些反对签名的人是那些坚持美国基本信仰的人，他们坚信我们必须维护民主，必须恪守先辈们进行独立战争时的精神。”最后，鲍林卖弄了一下自己的口才，将强迫教师在誓言上签字比作是俄国强迫科学家接受李森科学说，比作30年代纳粹对科学家的迫害。
接着委员会回到了正题。委员会的律师问鲍林是否在加州理工学院发现任何颠覆活动的迹象。鲍林回答说没有。律师提醒鲍林不要忘了西德尼·怀恩巴姆，他曾经雇佣的已被判刑的共产党员。鲍林对于听证会语气的改变非常吃惊，他说怀恩巴姆的罪状是伪证，而不是颠覆。“没有证据表明他对于这个国家有任何不忠，”他说。
在接下去的两个小时内，委员会盘问了鲍林对于共产主义的看法，问他如何能够忍受赤色分子将党派路线强加给无助的年轻人，以及为什么他不同意拯救孩子比正常的诉讼程序更为重要。最后，鲍林忍无可忍了：
多内利参议员：我认为许多加利福尼亚州的纳税人会觉得与其让孩子们在少不更事的时候潜移默化地接受教授们共产主义的教条，还不如取消一些高等教育。
鲍林：是的。您相信坚持民主的原则是错误的。
多内利参议员：不，我没有说过这样的话。我也不相信这样的事情。
鲍林：正确的决定基于对所有人的观点加以平均，而不排斥那些由于其意见和政治信仰受到压制的人的观点。
多内利参议员：一个人有一种思想，然后走上教师这一人们所信赖的岗位，这与您说的完全是另一码事。就像今天出庭的一位教授所说的，父母把他们在这世上最珍贵的东西——他们的子女托付给教师，而这些教师却偷偷摸摸地向这些孩子传授共产主义的教条。根本就没有人让他们教这些课程，我认为没有必要雇佣这样的教师。
鲍林：那好。如果您手上有任何这类教师的例子的话，为什么不把他们带到这儿来作证呢？
委员会担心斗不过这位加州理工学院的教授，暂时休会吃午餐，让鲍林在下午两点钟再回来。
下午的听证会如同一场恶梦。委员会又回到了怀恩巴姆的问题上来：他什么时候开始为你工作的？谁推荐了他？你有没有调查过他的背景？为什么不？接着他们又转向鲍林自己的政治活动。手里握着特尼委员会的档案，主席开始逐一盘查鲍林值得怀疑的朋友。加州参议员非美活动调查委员会发现鲍林担任副主席的美国进步公民组织是受共产党控制的，他是否知晓这一点？你是否支持坎特伯雷红色教长？亨利·华莱士？艺术、科学和专业人士委吊会‘你对共产党的策略有何感想？你对最近对共产党领导人的审判有何评论？鲍林耐心地回答了每一个问题。
接着在临近结束的时候，中心问题被提了出来。
律师：鲍林博士，我还有最后一个问题。现在你是共产党员吗？
鲍林：嗯，这个问题听上去像是在询问我的政治信仰。当然这是一个愚蠢的问题，不过我想这是例行公事。
律师：是的，我想请您回答……
鲍林：我正在想着那些加利福尼亚大学的一个一个受到威胁的同事们——起初他们中许多人反对效忠宣誓，接着他们�