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程化祥一脸无奈，带着几分幽怨的口气说道：“您还不明白吗？皇上心里对你有气呀！您说您，都这么一大把年纪了，又是看着皇上长大的，您还不了解他的脾气，干嘛要那样呢？”说着，他长叹了一口气，“唉，您真不该如此啊！老奴我也帮不了您，您今晚就在这里将就一夜吧！明天皇上也许就会见您。”
说着，他拂去方从哲拽着他的手臂，转身唉声叹气的离开了，留下怅然的方从哲。
程化祥的话一直在他的耳边萦绕，方从哲揣测不安，回味着那句“干嘛要那样呢？”这一句意味悠长的话，道出了这一切的原由。
站在中极殿门口，望向天空浩瀚明月，方从哲悲叹自己人生几何，若能躲过此劫，终生不再踏进朝廷半步。
天蒙蒙亮，大明新的一天又开始了。清晨爽朗，凉意嗖嗖，一夜担惊受怕的方从哲盖着厚厚被子在简易的地铺上睡着了，绵绵鼾声惊扰了这一片的宁静。
朱由校一大早便来到了中极殿，看到方从哲睡得正香，没有去惊扰。只是在旁边坐下闭目养神，静静的等着方从哲醒来。
约莫半个时辰，一阵冷风从殿门外吹来，打在方从哲的脸上，冻的他冷不丁的打了个冷战醒来。方从哲睁开双眼，看到外面已然大亮。
他正要起身舒展舒展筋骨，忽然感觉侧身有微微的呼吸声，猛然转头看向侧面，正与朱由校冷峻的目光对上。方从哲大惊，惊慌的一骨碌爬起来下跪俯首叩拜。皇帝什么时候进来的自己竟然毫无察觉，已是冒犯之罪，这一下子更让他担惊受怕。
朱由校见到方从哲失魂落魄的模样，心感畅快解气，悠然的对跪在地上的方从哲说：“首辅等候朕一天了，有何要事？”
这是明知故问。方从哲也核子能吃哑巴亏。
他伏地惶恐的回道：“罪臣有罪，前来向陛下请罪，还望陛下责罚，已宽微臣之心。”
朱由校冷哼一声，道：“首辅大人何罪之有，秉国理政还离不开您呐！”
“罪臣实不敢当，臣有负先帝重托，愧对皇上，恳求皇上罢免臣首辅之位，归隐还乡吧！”方从哲跪地回言，身子轻轻颤巍，脸色难看，眉头紧皱，一夜的等待让他心虚害怕，惊心不已。
“呵呵，”朱由校爽朗的笑声，吓的方从哲背部发凉。朱由校缓慢起身，踱了两步，背着方从哲厉荏的说：“你是想离开朕，离开朝廷，躲的远远的，怕朕找你秋后算账吧！”
“皇上，臣有罪“方从哲带惊心的哽咽道。
“是，你是有罪！”朱由校将心中积攒的怒气顷刻爆发出来，猛然转身指着方从哲大怒道：“你是首辅，入阁这么多年来不思报国，却结党营私，擅权专国，终酿出百官罢朝！这真是奇耻大辱！真是亘古未有！”朱由校满目怒光，寒指凌冽颤抖不止。方从哲伏地冷汗直冒，伏唯怯怯。
朱由校怒吼声不断，“自古党争是亡国之祸，朝廷党派林立，互相倾轧，大明积弊重重亟待革新，朕初登大宝欲刷新朝政，革除积弊，变法图强。可你们这帮大臣只为争权逐利而不顾大明江山！现北有努尔哈赤虎视眈眈，察哈尔林丹汗蠢蠢欲动，各地灾害不断，民不聊生，国库空虚，兵备乏陈，盗寇四起，内忧外患岌岌可危，正直社稷多秋之际，尔等不知图强，却处处与朕绊阻！清丈田亩，可以查出被隐匿的田产增加朝廷赋税，减轻百姓负担，尔等为了自身的利益不顾朝廷社稷安危，身为大明臣子，你们的拳拳报国之心哪去了？！”
方从哲冷汗淋漓，大颗的汗珠顺着两鬓滚落而下。
朱由校深深地吸进一口气，意味深长的大喝道：“你们可以不当官，但朕不可以不要大明的江山！”
方从哲被皇帝的最后一句话吓了一个哆嗦，不住的磕头认罪。朱由校的满腔怒火在这里淋漓尽出，舒服不少。朱由校原本想找机会治他的罪，现如今看到他伏地龟缩可怜，也对他隐隐起了恻隐之心。
朱由校坐回椅子上歇息，大口喘息着，对方从哲冷眼道：“不要以为百官们紧紧地团结在一起就可以和朕抗衡，告诉你，这天下是朕的，朕终将会实现大明中兴，朕的革新也必然会进行下去，谁也别想阻止！朕不是嘉靖爷，也不是万历皇爷爷，朕不会因为一时的阻碍就心灰意冷退居深宫，朕一定要开创大明盛世，谁阻碍朕，朕必将他除去！神挡杀神，佛挡杀佛！”
“陛下，”方从哲骇然大惧，不敢抬头，深深地应了一句：“陛下真不像是十六岁的少年，倒像一个有着宽阔胸怀的老者，微臣愧对陛下啊！”
“方从哲！你也是通晓古今的人，自古以来但凡革新的都是杀伐果决，朕也不例外，为了大明江山，即使大开杀戒也在所不惜，你是聪明人，知道这个时候远离朝廷，远离这是非之地！实话告诉你，朕真的想拿你开刀！”
朱由校声色俱厉的说道。
“臣有罪！臣有罪！”方从哲带着哭腔不住的磕起头来，磕的地板“咚咚”的响。
朱由校长舒了一口气，面部缓和的说：“朕念你拥戴有功，有功与社稷，罢朝之事也非你主使，就准追究了，准你回家归养，不过在临走之际，你要为朕选一个人接你的班吧？”
方从哲如释负重，叩首道：“臣叩谢天恩。皇上若要臣举荐一人，非孙承宗不可胜任！”
“呵呵，算你识相！”朱由校眉开眼笑，起身说：“回内阁办理一下交接，孙承宗到任后你就归乡吧！”说完，朱由校头也不回，乐呵呵的离开中极殿，不再理会他。
皇帝走远，方从哲擦拭额头上的汗，跪的太久，腿脚麻木，扶着旁边的椅子勉强支撑起来。回想刚才的那一幕，他还心有余悸，惊魂未定，还好举荐了孙承宗，要是让韩爌接替，只怕今天就走不出皇宫了。
朱由校满意的回到了乾清宫，这次不仅整治了方从哲狠狠的出了口恶气，还把孙承宗推上了首辅之位，有方从哲推荐省了不少麻烦，百官那就是吃了哑巴亏，想反对也说不出口了，他们只能恨方从哲了。
方从哲回到内阁后再度写了一道折子，请求归养并推荐孙承宗为首辅。这次只不过是走个过场。
你上个折子我批示一下，你情我愿，一切皆大欢喜。
皇帝的批复很快下来了，准其归养，还在文中大加褒奖了方从哲一番。
旨意一下达，群臣们炸开了，他们都不敢相信这是真的，不过木已成舟，群臣们只能眼巴巴的看着首辅离开，挥泪撒别，有些明白的大臣们，回去后也都暗自写折子，奏请归养，朱由校一一照准，这一下子朝中又走了几个大臣。
朱由校心中乐滋滋的，方从哲一走，带动了一些官员离京，也意味着朝中党派集团少了些核心的人，他们看到首辅隐退必然是因为怕祸事临头。
走的都是有点眼光的。
朱由校把孙承宗召来，多日不见，孙承宗明显廋了一圈。自从协理三大营营务，日夜操劳，查员额，严军纪，惩慵将懒兵，补足人数，忙忙碌碌无日无夜，朱由校见到也是心生怜惜，但国家缺乏柱国良才，只能让他多上点心劳累点。当着他的面，朱由校宣布他为内阁首辅，仍暂理三大营营务。
孙承宗回归内阁，而且出任首辅，群臣的眼光都变了样，再也不会对他置之不理，大臣们见风使舵的本事堪称一流。有些不买账的人对他仍是嗤之以鼻，面色冷傲，孙承宗不与计较。
次辅韩爌心情极差，也是最不服气，本有望成为首辅的他却屈尊在孙承宗之下，懊恼不已，请病闭门休养，来客一律不见。如此一来，内阁中只有孙承宗一人主政，形成独相内阁。
第一百四十一章逼我清洗都察院（）
孙承宗入阁的第一件是就是向朱由校递上了一份奏折，是阐述近两个月来协理三大营营务时发现的的弊端及到任后的整治措施。
骆思恭虽然是主政三大营营务，孙承宗是协理，但骆思恭心里明白，孙承宗比他更懂军事，何况他是帝师，内阁阁臣下来的，这么高级的官员早晚还会回到内阁，他们俩共事这么久，不仅友谊深厚，而且骆思恭十分的谦让孙承宗，他知道自己的才能不及他，所以，孙承宗一到任，他就躲到幕后落的逍遥自在，让孙承宗一人主管了三大营营务。孙承宗也不计较，全权整顿了营务。
在近两个月的时间，孙承宗雷厉风行，首先查实了兵员实额，惩治了一些贪将，视察兵营军械，将八名锦衣卫分配到兵营中，考查士兵，淘汰老弱之兵，补充青壮，修武备，整肃军纪，短短时间已经是焕然一新，目前新兵仍在招募中，主要招募对象集中在流落京畿附近的逃荒流民。
朱由校大加赞赏了孙承宗的治军之策，在流民中招募青壮入伍，一定程度上缓解了社会治安的压力，同时也打破了一种制度，那就是军籍的世袭制度，这样不仅可以招募青壮入伍提高了军队的战斗力，也逐渐为朱由校下一步的改革打开了一个缺口。
不过，让朱由校隐隐忧患起来，有流民就说明有天灾、有人祸，有农民没地种，吃不上饭才逃荒到京畿附近。
朱由校不禁感叹起来：国家离富强还有很远的道路要走啊！
朱由校只知道明军三大营是皇帝禁军，分别是五军营、三千营和神机营，至于具体事务就不得而知了。朱由校向孙承宗垂问三大营具体的区别，孙承宗一一道来，朱由校才算明白，三大营只是统称，五军营分为中军、左﹑右掖和左﹑右哨，还有掌随驾马队官军的十二营，掌操练上直叉刀手及京卫步队官军的围子手营，以及幼官舍人殚忠﹑效义诸营都属五军营；神机营，其下亦分中军、左﹑右掖、左﹑右哨。中军分设四司，掖﹑哨各分设三司，掌铳﹑炮等项火器，三千营均为骑兵，人数不多，不过四五千人。
朱由校听的一塌糊涂，倒不是因为营务复杂，而是这些番号听起来别扭，什么左右掖，幼官舍人殚忠﹑效义，记不住不说，听也听不懂。等孙承宗说完，朱由校不知下面到底分为多少个营，也不知人数多少，如何统计，于是大手一挥，改组京师三大营。三大营各设都统一人，副都统两人，五步营下设十二营，每营按照数字编号，其它各司一并裁撤，每营设满编万人，设万户、千户、百户统管，神机营、三千营按此例改制，三千营改为“骑兵营”，“三千营”即使骑兵部队，叫“三千营”听着太别扭。
另外成立宪兵营，负责三大营营务纠劾不法等事务，军中执法权一并归于宪兵营，宪兵营直属皇帝管辖。宪兵营由锦衣卫选派充任。三大营主政也不叫“总督京营戎政”，就叫“京营总督”。
朱由校的这次改组三大营，初步建立了具有现代军队编制的雏形，毕竟生活在前世的他对古代的军队编制很模糊，不如现代加古代相互融合的建制，技能起到改革的作用，也不至于让太多人的反对。最重要的是成立宪兵营，目的是加强军队的监督与执法权，形同军中锦衣卫，代行监军职责，以便牢固控制兵权，防止军官拥兵自重和军士不法，重要事务直接呈报皇帝，闲杂琐事由京营总督处理。
朱由校拟定完章程，交由孙承宗，命他与骆思恭一并处理，务必在半年内完成三大营的改组。
这是一场轰轰烈烈的军事改革，也是首次在禁军中改组，朱由校十分重视，再三叮嘱孙承宗要
孙承宗叩首领命，又言，军中军械不备，尤其神机营，“火枪”经改进远比原先的“鸟铳”好用的多，不仅射程远、精度高，而且是火镰扣击，比“火绳枪”更先进，在阴雨天气下不怕灭火，仍可发射，徐光启带来的“红夷大炮”也比铁炮威力大的多，只是“红夷大炮”数量太少，只有三十门，“火枪”一千支，弹药配备只够训练之用，战时不足，原先拨给赵忠南的三十万两已经花完，希望皇上能拨款打造大炮和制造火枪弹药。
朱由校听到孙承宗的汇报，也黯然心忧起来，早在他登基的时候就想到将这些新式武器快点装备部队，尤其是神机营，这是火器部队，在当今世界算是武装最先进的部队了。朱由校是一百个心思想将这些最先进的武器装备起来，只是当前国库没钱，就万历皇帝留下的那点内库的几百万两银子，登基短短四个月就花去了一半，还免去全国一年的赋税，现在能征收上来的只有可怜巴巴的商税，可商税太低了，一年不过十几万两，根本可以忽略不计！这种形势下哪还敢乱花钱？！就这么点压箱�